退職したメンバーのユーザーアカウントを管理画面から削除したんですが、もうつぶやきデスクにログインできませんよね？

登録されたユーザーアカウントをグループ管理から削除した場合の動作について。

はい、大丈夫です。
仮にそのアカウントが他の共有アカウントに属している場合はその限りではありませんが、そのグループから削除して頂ければ、そのグループのTwitterアカウント（共有アカウント）から発言するなどはできなくなります。